ב-2001 זכה פרופ' בר-זהר בעיטור מידי נשיא צרפת, שהעניק לו את התואר "אביר לגיון הכבוד." בדצמבר 2002 קיבל בר-זהר את "אות ההגירה הבינלאומי" מידי הארגון העולמי להגירה, המאחד כמאה וחמישים מדינות. באוקטובר 2005 קיבל את פרס בן-גוריון ב-2006 התפרסמה הביוגרפיה שכתב על שמעון  פרס  "כעוף החול ." בפברואר 2007 יצאה הביוגרפיה תחת השם  "שמעון פרס – הביוגרפיה" באנגלית, בהוצאת רנדום-האוז שבניו-יורק. מאוחר יותר התפרסמה הביוגרפיה גם בצרפת, איטליה והולנד. בספטמבר 2008 הוצג מחזהו הראשון של  בר-זהר, "אלתרמן שלי", העוסק בחייו ומותו של המשורר הלאומי, במסגרת  פסטיבל בית ליסין.

בשנת 2012  זכה בר-זהר בפרס היצירה לסופרים עבריים מטעם ראש הממשלה.

בשנת 2010 פרסם יחד עם ניסים משעל את "המוסד- המבצעים הגדולים", השניים פרסמו גם את הספר "צה"ל – המבצעים הגדולים" (2013) לכבוד 65 שנות המדינה.